A Szent István Egyetem jogutódja a 2021. február 1-jén megalakult Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem. Ezzel egyidőben az Egyetemhez csatlakozott a Nemzeti Agrárkutatási és Innovációs Központ 11 kutatóintézete és gazdasági társaságai, valamint a Debreceni Egyetem Agrár Kutatóintézetek és Tangazdaság Karcagi Kutatóintézete.
A Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem megalakulásától kezdve vállalja a jogelőd Szent István Egyetem hagyományainak továbbvitelét, a történeti múlt megismerését és egyben megismertetését.
Az Egyetem minden campusának nagy múltja, gazdag története van.
A keszthelyi Georgikon Mezőgazdaságtudományi Kar jogelődjeit tekintve Európa legrégebbi rendszeres mezőgazdasági felsőoktatási intézménye, amely 1797. július 1-jén kezdte meg működését.
A budapesti kertészeti felsőoktatás jogelőd intézményeinek alapkövét Entz Ferenc orvos rakta le 1853-ban, amikor létrehozta a Haszonkertészképző Gyakorlati Tanintézetet.
1920-1934 között működött a Budapesti királyi Magyar Tudományegyetemi Közgazdaságtudományi Kar Mezőgazdasági Szakosztálya.
Hosszas előkészületek után 1920 januárjában jelent meg a kormány 272/1920. M. E. számú rendelete a kar szervezeti szabályzatáról, s majd csak októberben tették közzé a felállításáról és ideiglenes szervezetéről szóló 1920. évi XXXI. törvénycikket. A dokumentum egyrészt kimondta, hogy „…a magyar tudományegyetemek fakultásaival mindenben egyenrangú és egyenjogú kir. magyar tudományegyetemi közgazdaságtudományi kar állíttatik fel”, továbbá egyes paragrafusaiban megerősítette az év elején már kiadott szervezeti szabályzat főbb intézkedéseit. Az ünnepi megnyitón Teleki Pál miniszterelnök a következőket mondta: „A tanári karra az a feladat vár, hogy olyan ifjakat neveljenek, akik nemcsak ismerni fogják a földet, hanem meg is szeretik.”
Az 1934. évi X. törvénycikk alapján létrejött a Magyar királyi József Nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem Mezőgazdasági és Állatorvosi Kar Mezőgazdasági Osztálya.
Az egyetem több intézmény, köztük a Közgazdaságtudományi Kar egyesítésével jött létre, öt tudománykarra tagozódott, karonként két-két osztállyal. Szervezetében a mezőgazdasági szak az állatorvosi osztállyal alkotott kart, ahogyan a nevében is szerepel: Mezőgazdasági és Állatorvosi Kar. A mezőgazdasági osztály professzorai közül elsőként Czettler Jenő kapott rektori széket az 1935/36-os tanévben, a kar első dékánja pedig Zimmermann Ágoston volt. Mind a két akadémikus az 1920-ban létrehozott Közgazdaságtudományi Kar oktatója is volt, akik újabb kinevezés nélkül folytathatták munkájukat, hasonlóan más oktatókhoz. A kar 1945 nyarán vált ki az egyetem szervezetéből.
A gödöllői felsőoktatás közvetlen gyökerei az első önálló Magyar Agrártudományi Egyetem 1945-ös létesítéséig nyúlnak vissza.
Az egyetem a mezőgazdasági szakoktatási intézményeket egyesítve került létrehozásra az ideiglenes nemzeti kormány 8.740/1945. M. E. számú rendeletével, budapesti székhellyel. Az egyetem Mezőgazdaságtudományi, Állatorvostudományi, Erdőgazdaságtudományi és Kert- és Szőlőgazdaságtudományi Karokra, a Mezőgazdaságtudományi Kar négy szakosztályra (budapesti, debreceni, keszthelyi és mosonmagyaróvári) tagolódott. Az egyetem első rektora Doby Géza professzor volt, aki már 1920-tól meghatározó szerepet játszott a jogelőd intézményekben. A centralizált agrár-felsőoktatási elképzelést megvalósító intézmény életképtelensége rövid idő alatt nyilvánvalóvá vált. Az intézmény szervezete számos átszervezésen ment át, már nem sokkal létrehozását követően. Végleges helyének Gödöllőt jelölték ki. Az új helyre való költözés 1950-ben kezdődött meg. Az intézmény elnevezései: 1945–1949 között Magyar Agrártudományi Egyetem; 1949–1989 között Agrártudományi Egyetem (Gödöllő); 1989. szeptember 1–1999. december 31. között Gödöllői Agrártudományi Egyetem.
A Szent István Egyetem és jogelőd intézményei fennállása óta sokszor idézték Móricz Zsigmond egyik írását, amely Az Est című lap 1919. február 26-i számában jelent meg Egy koronagyémánt s ezer koldustarisznya címmel. A páratlan egyetemtörténeti adalék arról az ideáról szól, hogy a gödöllői uradalmat kell a „magyar földmívesképzés igazi központjává” alakítani.
A 2000-ben létre jött Szent István Egyetem struktúrájának változásai:
Először 2003-ban módosult szervezete, amikor a Budai Campus három kara (volt Kertészeti és Élelmiszeripari Egyetem) kivált, melynek eredményeként 2008 végéig a SZIE hat karral, négy campuson működött.
2002 decemberében a gyöngyösi Gazdálkodási és Mezőgazdasági Főiskolai Kar kiválását kezdeményezte. A Szent István Egyetem Szenátusa 2003. május 14-i ülésén foglalt állást a Kar kiválásáról, majd az Országgyűlés a 108/2003. (VII. 22.) Kormányrendelet szerint 2003. szeptember 1-jei hatállyal önálló felsőoktatási intézménnyé nyilvánította a Károly Róbert Főiskolát.
- január 1-jei hatállyal a Tessedik Sámuel Főiskola (TSF) Tessedik Sámuel Egyetemi Központ (TEK) néven három karral és egy intézettel beolvadt a SZIE- be.
A 2011-es év további intézményi integrációt tett szükségessé: október 1-jével az Alkalmazott Bölcsészeti Kar beolvadt a Pedagógiai Karba és Alkalmazott Bölcsészeti és Pedagógiai Kar néven szarvasi központtal működött. A Víz- és Környezetgazdálkodási Kar, valamint az Egészségtudományi és Környezet-egészségügyi Intézet pedig a Gazdasági Karba beolvadva Gazdasági, Agrár- és Egészségtudományi Kar néven békéscsabai központtal folytatta tevékenységét.
Az Alkalmazott Bölcsészeti és Pedagógiai Kar szarvasi telephelyű Pedagógiai Intézete 2014. augusztus 1-jétől a Gál Ferenc Főiskola Pedagógiai Karaként működik tovább.
Fenntartói döntés alapján az Élelmiszertudományi Kar, a Kertészettudományi Kar, valamint a Tájépítészeti és Településtervezési Kar a Budapesti Corvinus Egyetemből kivált és a Szent István Egyetem szervezetébe olvadt be 2016. január 1. hatállyal.
Az Emberi Erőforrások Minisztériumának döntése értelmében és a felsőoktatási struktúra átalakításának lépéseként 2016. július 1-től az Állatorvostudományi Kar kivált a Szent István Egyetemből és önálló egyetemmé alakult, az ugyancsak távozó jászberényi Alkalmazott Bölcsészeti és Pedagógiai Kar pedig az egri Eszterházy Károly Egyetem részeként működik tovább.
A Kormány 1014/2017. (I.12.) Kormányhatározata alapján a Szent István Egyetem Gazdasági, Agrár- és Egészségtudományi Kar gyulai telephelyű Egészségtudományi Intézete 2017. február 1. napjától feladat-átadás keretében az egyházi fenntartásban lévő Gál Ferenc Főiskola Egészségtudományi Intézeteként működik tovább.
A Szent István Egyetem békéscsabai központú Gazdasági, Agrár- és Egészségtudományi Kara február elsejétől Agrár- és Gazdaságtudományi Kar névvel, szarvasi székhellyel működött tovább.
A Kormány 1006/2018 (II.1) határozata alapján az Agrár- és Gazdaságtudományi Kar Gazdasági Campusa 2018. február 1-től a Gál Ferenc Főiskola szervezetébe olvadt be.
A Szent István Egyetem Szenátusa 2019. október 30-i ülésén az Egyetem funkcionális átalakítása céljából a hatékony és gazdaságos működés érdekében szervezeti átalakulásról döntött, melynek részeként az oktatást-kutatást végző szervezeti egységek intézeti struktúrába szerveződve folytatták tevékenységüket. A szervezeti átalakítás részét képezte az Agrár- és Gazdaságtudományi Kar Öntözési és Vízgazdálkodási Intézetté alakítása az Egyetem Szarvasi Campusán 2020. február 1-től.
Az Nftv. 115. § kiegészítése alapján 2020. július 31. napján a Szent István Egyetem Ybl Miklós Építéstudományi Kara a Szent István Egyetem szervezetéből kivált és az Óbudai Egyetem szervezetébe olvadt be.
Az Nftv. 115. § kiegészítése alapján 2020. július 31. napján az Eszterházy Károly Egyetem Gyöngyösi Károly Róbert Campusa az Eszterházy Károly Egyetem szervezetéből kivált és a Szent István Egyetem szervezetébe olvadt be, továbbá a Pannon Egyetem Georgikon Kara a Pannon Egyetem szervezetéből kivált és a Szent István Egyetem szervezetébe olvadt be. Ezt követően 2020. augusztus 1. napjával a Kaposvári Egyetem és a Szent István Egyetem összeolvadásával a Szent István Egyetem jött létre.
